Yayasan Prayoga Padang berdiri dengan Akta Notaris tanggal 26 Maret 1962, No.31, dihadapan Notaris Hasan Qalbi. Tanggal pendirian ini adalah saat penyatuan beberapa sekolah Katolik Keuskupan Padang, yang saat itu berada di kota Padang, Padangpanjang, Bukittinggi, Payakumbuh, dan Pekanbaru ke dalam satu Yayasan pendidikan, yaitu Yayasan Prayoga. Sesudah tanggal itu, masih ada peristiwa penggabungan, pemisahan, dan penambahan beberapa sekolah, hingga yang de facto ada adalah seperti yang saat ini.
Saat ini Yayasan Prayoga Padang mengelola 29 unit sekolah, mulai dari Taman Kanak – Kanak hingga Perguruan Tinggi, tersebar di kota Padang (15 unit), Sawahlunto (2 unit), Kab.Pasaman Barat (4 unit), dan Kab. Kep. Mentawai (8 unit). Sekolah – sekolah di Bukittinggi, Payakumbuh, dan Padangpanjang saat ini berada di bawah naungan Yayasan Prayoga Bukittinggi, sedangkan sekolah – sekolah yang berada di Riau berada di bawah pengelolaan Yayasan Prayoga Riau. Ketiga Yayasan Prayoga ini masing – masing otonom, dengan pengurus yang berbeda.
Diantara sekolah – sekolah yang berada di bawah naungan Yayasan Prayoga Padang saat ini, ada beberapa sekolah yang usianya jauh lebih tua dari usia pendirian Yayasan Prayoga, yaitu sekolah – sekolah yang didirikan oleh para suster SCMM dan frater CMM yang datang dari negeri Belanda. Misalnya, TK Mariana berdiri tahun 1888 (d/h Frobel School), SD Agnes tahun 1900, dan SMP Maria tahun 1921. Sekolah – sekolah itu dalam perjalanan waktu diserahkan pengelolaannya kepada Yayasan Prayoga.
Ada juga sekolah – sekolah yang didirikan langsung oleh Yayasan Prayoga, misalnya TK-SD-SMP Yos Sudarso, TK-SD Setia, TK-SD Tirtonadi, ABA/STBA Prayoga, dan Akademi Farmasi Prayoga. Ada juga sekolah – sekolah yang ada pada mulanya didirikan dan diasuh oleh Keuskupan Padang, yaitu sekolah – sekolah di Kab. Pasaman dan Kep. Mentawai, kemudian diserahkan pengelolaannya kepada Yayasan Prayoga Padang.
Saat ini Yayasan Prayoga Padang sudah menyesuaikan AD-nya dengan UU Yayasan No. 16/2001 juncto UU No. 28/2004, dengan Akta Notaris tanggal 18 Juni 2007, No. 152, dibuat dihadapan Notaris Marlina, SH. Yayasan Prayoga Padang sudah tercatat di Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia, No. AHU-AH.01.08-98, tertanggal 1 Maret 2010.
